Οι Sonic, Knuckles και Tails ξανασμίγουν ενάντια σε έναν παντοδύναμο νέο αντίπαλο, τον Shadow, έναν μυστήριο ανταγωνιστή με δυνάμεις που δεν αντίκρισαν ποτέ ξανά. Με τις δικές τους ικανότητες να μην φτάνουν η ομάδα του Sonic πρέπει να ψάξουν μιαν παράδοξη συμμαχία.